公元1399年，明朝开国皇帝朱元璋的第四子——燕王朱棣，以强大的军事力量为基础，向刚刚即位的建文帝——皇太孙朱允炆公开发出了挑战，史称“靖难之役”。1402年，燕兵攻陷了南京，朱棣即位。然而就在朱棣攻入南京皇宫时，那里早已是一片大火，建文帝却下落不明。

此后，有关建文帝下落的传闻越来越多，这也成为了他的一块心病。数百年来，关于建文帝身在何方的猜想也成为了一桩历史悬案。据永乐年间修撰的《明太祖实录》记载，燕王朱棣经过4年的征战，大获全胜，建文四年六月十三日，建文帝见大臣们都已经离散，甚觉悲哀无助，就关上宫门，举火自焚了，等到朱棣大军开进南京皇宫时，发现已是一片火海，建文帝连同他的皇帝玉玺也毫无踪影。

永乐年间的《实录》和清代修编的《明史》都重复了这一说法。仁宗朱高织御制长陵的碑文上也说，建文帝殁后，明成祖朱棣以天子的礼仪来给他入葬。而朱棣后来在给朝鲜国王的诏书中也说：建文帝是在奸臣的威逼下纵火自杀的。但实际上，据当时的宦官在现场搜查的结果，并没有找到皇帝、皇后等人的遗骸，留下了很大的疑点。因此，有一种说法认为，在南京被攻破时，建文帝曾想自杀，但在亲信大臣的说服下，他乔装打扮，从秘密地道逃出了皇宫，从此隐姓埋名，浪迹江湖。朱棣登位后，就隐约感到建文帝对他有一种无形的压力，因此多次派心腹大臣到处寻访建文帝的下落。

永乐年间，朱棣还派遣郑和下西洋，而陪同人员中，就有许多锦衣卫士，这显然就是用于暗中察访建文帝的。更加令人起疑的是，明成祖朱棣曾向天下寺院颁布《僧道度牒疏》，将所有僧人名册重新整理，对僧人进行了一次全面的彻底调查。从永乐五年（公元1407年）起，还派人以寻访仙人张三丰为名到处查找，前后共20余年，这不得不让人有所猜想。到底建文帝生死如何，下落何方？民间流言中，在许多地方都有建文帝的踪迹与传说。有的说建文帝逃到云贵地区，而且辗转到了南洋地区，直到现在，云南大理仍有人将建文帝奉为鼻祖。也有现代学者认为，当年建文帝潜逃后，曾藏于江苏吴县鼋山普济寺内，于永乐二十一年（公元1423年）在此病亡，埋于庵后小山坡上。但毕竟查无实据，而这个悬案，就像许多宫闱秘史一样，也许永远是个谜团了。